分成「一般檢索」與「進階檢索」。
一般檢索就是對全文與各詮釋資料欄位進行檢索。
進階檢索則可進一步指定查詢詞彙須出現在特定欄位，即「標題」、「作者」、「出處」、「分類」、「中曆年份」，與「西元年份」。
上圖是一般檢索，而按了右邊的「進階檢索」後，則檢索框會變成進階檢索，即為下圖。
底下分成三部份。第一部分先介紹一般檢索，第二部份介紹進階檢索，第三部份介紹後分類檢索。
(1).1 最簡單的檢索例子
例如，我們想在古契書中尋找「找洗」，想看看這個台灣清治時期相當特殊的商業交易行為，我們可以在查看古契書文獻集時，於「文件檢索」全文搜尋框輸入「找洗」，然後直接按「Enter」鍵或是搜尋框右邊的「送出」按鈕；稍帶一會，即會顯示出 THDL 古契書中，包含「找洗」的各篇全文文件。
我們稱這些全文文件為「檢索結果」。
這是最簡單、只有檢索一個詞的檢索方式。我們稱這個詞為「關鍵詞」（keyword）。關鍵詞可以只有一個字，或是包含兩、三個字的詞，如人名、地名，或是某句我們感興趣的句子。
在上面這個例子中，檢索結果即一些全文文件，而每篇文件裡頭都有我們要找的關鍵詞「找洗」；我們稱這些文件「符合」檢索條件，並稱該關鍵詞「出現」在這些文件中，而這些文件則「包含」該關鍵字。下面我們會以這些術語來說明 THDL 的檢索。
除了只找一個關鍵詞外，我們也可以輸入多個關鍵詞做檢索。
跟 Google 不同的是，THDL 不加符號的多關鍵詞檢索，是只要某文件滿足其中一個關鍵詞，即算是滿足檢索條件，而該文件就成為了檢索結果之一；而 Google 的多關鍵詞檢索，則是會先顯示所有關鍵詞都出現的文件，然後才顯示只有部分關鍵詞出現在文件中的文件。如果要做多個關鍵詞「全符合」、或者運用其他功能的檢索，就得使用「檢索符號」。
(1).2 兩個一般檢索常用的符號
A. 多關鍵詞全符合檢索：「+」
在 1.1 中，我們提過若我們想要找「兩個以上的關鍵詞都出現在文件中」的文件，我們必須使用「檢索符號」。這個檢索符號就是「+」（加號）。例如，我們可以在查看古契書文獻集時，於文件檢索框中輸入「+杜賣 +歸就」，查看「親族之間的買賣」。
B. 讓某關鍵詞不出現於檢索結果：「-」
在檢索結果中，我們想讓讓某關鍵詞不出現在檢索結果中，就用「-」（減號）。承上例，我們若對親族間買賣中的鬮分契沒有興趣，或者想要進一部篩選檢索結果，我們可以在文件檢索框中輸入「+杜賣 +歸就 -鬮分」，專門看不是鬮分契的親族買賣。
(1).3 用多個關鍵詞做一般檢索的兩個例子
A.「+杜賣 贈 增 -張增榮」
第一個例子是古契書的檢索範例。這個例子是希望能觀察全文具有「杜賣」的文件中，出現「贈」或「增」的情形。
以這個檢索條件來搜尋所得到的檢索結果裡頭，每篇文件一定包含二字詞「杜賣」，一定不會包含三字詞「張增榮」，並且「贈」字與「增」字則至少會出現其一，即可能只出現「贈」、可能只出現「增」，也可能二字都出現。
多打個「-張增榮」是因為我們不希望「增」字是出現在人名「張增榮」中，因此就將「張增榮」這詞加以排除。
要特別注意的是，由於我們將包含「張增榮」這人名的文件剔除了，所以若這些文件中有「增」字單獨出現，而不只是「張增榮」三字詞裡頭的字，這些文件也不會出現於檢索結果中。
B. 「+林爽文 +敗 -勝 戰 福康安」
第二個例子是明清檔案的檢索範例。我們想在明清檔案中特別查看林爽文事件，並且是特別描述有一方打敗仗的文件。
此例中，檢索結果一定會出現三字詞「林爽文」與「敗」字，且一定不會出現「勝」字，而「戰」字與三字詞「福康安」則至少會出現其一。
這個檢索條件還可以再調整或增加檢索關鍵詞，以更符合我們要的結果，例如再加上「-克捷」等，剔除與勝利有關的辭彙。
(1).4 其他可用檢索符號
A. 詞彙標示：「=>」
在前面 1.2.A 檢索「+杜賣 +歸就」的例子中，點擊第一筆檢索結果、標題為「杜賣鬮分田園埔地盡付歸管合約字」的全文文件後：
我們可以看到頁面上頭的文件檢索框中，系統會自行出現「{cca100003-od-bk_isbn9570273399_000088-0001-u.xml} => 杜賣|歸就」這樣的句子。
前面那一串以 .xml 結尾的東西，就是該筆文件的檔名。後面的「=> 杜賣|歸就」，可以說是自動產生的一個指令，其意義在於告訴系統要在這篇文件中，特別標明「杜賣 」與「歸就」兩個辭彙。這麼做的目的，就是可以方便我們觀看檢索關鍵詞出現於文件何處。
因此，我們也可以在文件檢索框中，自行輸入這符號，特別標明一些關鍵詞。例如，若將 1.3.A 中的檢索字串「+杜賣 贈 增 -張增榮」改成「杜賣 贈 增=>張增榮」：
那麼檢索結果中，如果「增」字出現 於三字詞「張增榮」中，這個「增」就會特別標明出來，方便我們觀看檢索結果中，「增」字出現在「張增榮」裡頭的情形。改變檢索字串後，「增」字也可以單獨出現。
B. 比較文件集：「關鍵詞一 ?vs 關鍵詞二」
是「比較兩文件集」的檢索語法。「文件集」意即「某次檢索的結果」。
例如檢索「找洗 ?vs 絕賣」，我們就可以在檢索結果上方的「檢索結果分佈圖」，看到兩文件集的年代分布比較。
C. 兩文件集的交集：「關鍵詞一 ?in_cnt 關鍵詞二」
想知道這個檢索是在做什麼之前，我們先想一個比較簡單的檢索例子：單單檢索「林爽文」。
我們可以看到有出現 1565 筆文件包含「林爽文」這詞彙。
而如果我們想要看這些文件中，有幾筆、有哪些文件包含「福康安」，我們就可以輸入「林爽文 ?in_cnt 福康安」。
「in: 585」就是說，這 1565 筆包含人名「林爽文」的文件中，有 585 筆文件還有包含「福康安」。
跳到第二頁，我們即可在第 11 筆符合檢索條件的文件中，於標題左邊看到一個小圖寫著「in」；這就代表該篇文件裡頭，包含「福康安」。
「in_cnt」即為「in count」。
(2).1 詮釋資料（metadata）
除了可以在進階檢索做搜尋的四個詮釋資料欄位：「標題」、「作者」、「出處」、「分類」以外，THDL 的詮釋資料還有「檔名」、「成文日期」，以及「分類」。這些詮釋資料，是 THDL 數位化的過程中，建置人員手動新增的部份。
其中值得一提的是「分類」欄位。明清檔案的分類就是檔案的類別，即「奏摺」、「上諭」、「附片」……等，而古契書的分類即契書的各種類型，如「杜賣契」、「鬮分契」、「公文書類」、「典契」……等。
(2).2 進階檢索介紹
在檢索框右邊按下「進階檢索」，就會跳出我們可以多輸入的幾個欄位：
分別介紹如下。
全文暨所有欄位：即一般檢索的「文件搜尋」框。
標題：在此輸入文件的標題，例如「為移會事」、「臺灣總督府檔案」等。
作者：要找劉銘傳寫的文件，可在此輸入「劉銘傳」。
出處：要找與劉銘傳有關的文件，可在此輸入「劉銘傳」。
中曆年份：想找甲午戰爭的文件，可在此輸入「光緒20年」或「光緒二十年」，二者是一樣的。
西元年份：如上例，在此可輸入「1894」。
值得注意的是，進階檢索的六個欄位只能輸入一個關鍵詞。
在檢索後的「詮釋資料欄位」側欄可以點選某項目，以進一步篩選檢索的結果。
(3).1 範例一
一樣是「找洗」這個例子。在《古契書》檢索「找洗」後，在頁面左側的詮釋資料欄位，將分頁切換到「分類」，然後點擊「杜賣契」，即可進一部列出分類為「杜賣契」的古契書文件。
(3).2 範例二
在《明清檔案》檢索「林爽文 福康安」後，在頁面左側的詮釋資料欄位，將分頁保留為「年代」，然後點擊「清嘉慶十一年 (1806)」，即可進一部列出年代為「嘉慶十一年」的文件。這一年雖然林爽文事件已過，但卻有 45 篇文件提到他們二者的名字，比起鄰近的幾年高出許多。
最後，如果我們看的是《明清檔案》或《古契書》，那麼在檢索框搜尋完以後，我們可以看到頁面左邊出現「詮釋資料欄位」的側欄，有「年代」、「出處」、「作者」，以及「分類」。
而如果我們看的是「全部」，而非單單《明清檔案》或《古契書》，則會多出「文獻集」分頁，而少了「分類」，因為兩種文獻的分類是不同的。